替代役役男如果因疾病必須治療或休養，經檢具醫療機構診斷證明書者，酌予核給病假，一次不得超過30日，惟服勤單位於必要時，得將其送至指定之醫院複診，再核予指定處所內適當之休養方式及天數；但是如果經診斷確定罹患足以危害團體健康及安全之疾病或傷病經鑑定不堪服役者，就必須要辦理停役。